Decyzje o powstaniu Rafinerii Gdańskiej została podjęta 7 marca 1971 roku. Do 1975 powstał na terenie Gdańska nowoczesny obiekt który był przystosowany do przerobu 3 mln ton ropy rocznie. 29 listopada 1975 roku Rafineria rozpoczęła swoją działalność oddając pierwszy produkt (Olej Opałowy) 19 grudnia 1975 roku. W 2005 roku po modernizacji i rozbudowie rafineria osiąga zdolność przerobu 6 mln ton ropy naftowej. A od 2007 rozpoczęto modernizację i rozbudowę rafinerii w ramach Programu Kompleksowego Rozwoju Technicznego (PKRT). Obecnie program rozbudowy rafinerii w Gdańsku nosi nazwę Program 10+. Po jej zakończeniu w 2010 zakład zwiększy możliwości przerobu ropy do 10,5 mln ton rocznie.
Rafineria zmieniała kilkakrotnie nazwę. Została utworzona jako Rafineria Nafty Gdańsk (początkowo z dodatkiem w budowie), następnie zmieniła nazwę na Gdańskie Zakłady Rafineryjne. Do 2003 zakład działał pod nazwą Rafineria Gdańska S.A., a od czerwca 2003 Grupa LOTOS S.A., do której zostały przyłączone rafinerie południowe: Czechowice, Jasło i Glimar (w Gorlicach) oraz Petrobaltic – spółka zajmująca się poszukiwaniem i wydobyciem ropy naftowej.

- - - -