Morski Oddział Straży Granicznej powstał 1 sierpnia 1991 roku na bazie przekazanych Straży Granicznej części sił i środków zreformowanej Morskiej Brygady Okrętów Pogranicza, która do tego dnia organizacyjnie wchodziła w skład Marynarki Wojennej. Na wiosnę 1992 roku zorganizowano nadmorskie struktury Straży Granicznej. Przeformowano Morski Oddział Straży Granicznej dołączając do niego siły z rozformowanych oddziałów Straży Granicznej: Kaszubskiego w Gdańsku i Bałtyckiego w Kołobrzegu oraz części Pomorskiego w Szczecinie.Straż Graniczna
Siedziba komendy Oddziału mieści się w zabytkowych koszarach, Gdańsku Nowym Porcie. Powstały one pod koniec XIX wieku. Ich budowę prowadzono w latach 1882-1885. Do II wojny światowej stacjonowały tu oddziały artylerii. Są tu tez budynki plebanii i kaplicy. Po wojnie stacjonowali tu żołnierze Wojska Polskiego oraz Wojsk Ochrony Pogranicza.

- - - -